Музей истории СПИИРАН и школы К.Мая основан в 1994 г. в интересах интеграции фундаментальной науки и образования. Основной целью создания музея было сохранение исторической памяти о становлении и развитии СПИИРАН и средств информатики, а также ознакомление широких кругов педагогов средней школы и учащихся с полуторавековой историей одной из лучших школ Петербурга (здесь воспитаны 38 членов – корреспондентов и действительных членов РАН или РАХ, 148 докторов наук) и её принципами гуманной педагогики. Музей включён в структуру СПИИРАН решением Учёного совета № 5 от 29.04.2008 года. Экспозиция Музея расположена в 4 помещениях первого этажа согласно разделам: история СПИИРАН, история школы К.Мая (1856-1918 гг.), история советской школы, академик Д.С.Лихачёв, семья Рерихов в гимназии К.Мая. Фонды Музея насчитывают свыше 5 тыс. единиц хранения. Ежегодно в музее проводится 90-105 экскурсий, участниками которых являются 1000-1100 представителей разных слоёв населения Петербурга, многих городов ближнего и дальнего зарубежья. На базе Музея проводятся методические семинары для педагогов школ Северо-Западного округа. При Музее в 2010 г. открыт сайт www.kmay.ru , активными пользователями которого является широкая аудитория людей, проживающих в России и других странах. Деятельность Музея регулярно освещается СМИ – газетами, журналами, радио и телевидением. Регулярно проводятся встречи с педагогами и воспитанниками школы. Заведующим музеем Н.В.Благово подготовлена и опубликована трёхтомная монография «Школа на Васильевском острове» и книга «Семья Рерихов в гимназии К.Мая», регулярно выпускаются информационные буклеты о Музее на трёх языках. В 2010 г. проведена научно-историческая конференция, посвящённая 15-летию Музея, сборник докладов которой «На службе Отечеству» опубликован в 2012 г. В 2010 г. Музей принят в Союз музеев России. В отчетном периоде деятельность Музея отмечена присуждением его заведующему Н.В.Благово Международной премии им. академика Д.С.Лихачёва (2010) за сохранение культурного наследия.

Используя потенциал Музея СПИИРАН и бывшей всемирно известной школы Карла Мая, ученые института ведут просветительскую и воспитательную работу со школьниками и студентами Санкт-Петербурга, пропагандируя лучшие научные, педагогические и культурно-нравственные традиции российского образования и науки.