Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук организован в соответствии с Распоряжением Совмина СССР от 19.12.1977г. и постановлением Президиума АН СССР от 19.01.78 на базе отдела вычислительной техники Физико-технического института им. А.Ф.Иоффе АН СССР как Ленинградский научно-исследовательский вычислительный центр АН СССР (ЛНИВЦ). В 1985 году ЛНИВЦ был преобразован в Ленинградский институт информатики и автоматизации АН СССР.
В 1992г. в связи с возвращением г. Ленинграду исторического названия Санкт-Петербург Институт переименован в Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук (СПИИРАН). Распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013г. № 2591-р Институт передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).
Научно-методическое руководство деятельностью Института осуществляет Российская академия наук и Отделение нанотехнологий и информационных технологий Российской академии наук (ОНИТ РАН).
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г. №215 "О структуре федеральных органов исполнительной власти" и распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 июня 2018 г. №1293-р Институт передан в ведение Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.
Институт выполняет фундаментальные исследования и прикладные разработки в области информатики, интеллектуальных систем автоматизации и информационных технологий.
Научный руководитель института член-корреспондент РАН Юсупов Рафаэль Мидхатович.
В соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 18 декабря 2019 г. № 1399 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук (СПИИРАН) реорганизован и переименован в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Санкт-Петербургский Федеральный исследовательский центр Российской академии наук» (далее – Центр).
В соответствии с Уставом Центра СПИИРАН получил статус структурного подразделения Центра - Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук.
Директор СПИИРАН Д.Т.Н. профессор Осипов Василий Юрьевич
